Geneticienii și arheologii au confirmat că toți câinii domestici (Canis lupus familiaris) au un strămoș comun: lupul argintiu (Canis lupus). Acest fapt a fost stabilit prin compararea ADN-ului a numeroase rase de câini domestici cu cel al lupilor, coioților și șacalilor.
Nu s-a clarificat exact când și unde au fost prima dată domesticiți lupii, dar istoria lor ancestrală de relație cu oamenii poate fi dedusă din fosilele cercetate. Rămășițele celui mai vechi câine domestic sunt plasate acum 14.000 de ani, iar cel mai vechi mormânt care găzduiește un câine alături de un om este evaluat la 12.000 de ani. De atunci, timp de generații, câinii au fost înmulțiți selectiv și s-au format peste 400 de rase de câini distincte. Câinii pot avea acum diferențe de masă corporală de peste 300 de ori între ei și sunt specia de mamifere în viață cu cea mai mare diversitate. Cel mai mic câine cunoscut a fost un Yorkshire Terrier cu masa de 113 grame, iar cel mai mare un Mastiff englez de 155,6 kilograme.
Oamenii și câinii au format încă de la început o relație mutual benefică. În timp ce oamenii au furnizat câinilor o sursă stabilă de hrană, ei au beneficiat la rândul lor de abilitățile de vânători ale cânilor. Asocierea cu oamenii a facilitat împerecheri mai timpurii și mai frecvente între câini, inclusiv accesul la reproducție al indivizilor care nu s-ar fi reprodus în condiții de haită, datorită poziției ierarhice, și care au reușit, în noile condiții, să-și introducă genele în bazinul genetic al speciei.
În 2004, NIH (National Institute of Health, S.U.A.) a publicat rezultate care grupează rasele moderne de câini domestici după similarități genetice. Examinând 85 de rase de câini și câțiva lupi, cercetătorii au grupat rasele de câini după similaritatea lor genetică cu lupul argintiu. Rasele de câini cele mai vechi—cu cele mai multe similitudini cu strămoșii lor lupi—includ rasele asiatice: Shar-Pei, Shiba Inu, Akita, și Chow Chow. Al doilea cel mai vechi grup e alcătuit din Basenji, o rasă africană. Al treilea cel mai vechi grup include două rase arctice: Malamutul alaskian și Huskie siberian. În sfârșit, două rase de ogari din Orientul Mijlociu alcătuiesc al patrulea grup: ogarii afgan și Salukis. Surprinzător, unele rase presupuse a fi vechi, precum ogarii Pharaoh și ibizan, s-au dovedit a avea multe rădăcini moderne, probabil datorită efortului oamenilor de a recrea aspectul raselor vechi. Celelalte rase analizate, mai noi, prezintă mai puține relații genetice cu lupul și între ele, comparat cu „rasele lumii vechi”.
În cea mai mare parte a istoriei noastre cunoscute, au existat numai câteva rase de câini, iar ei erau crescuți în principal în scop utilitar. Abia în ultimele câteva secole, pe măsură ce oamenii au început să înțeleagă și să manipuleze bagajul genetic, a explodat numărul de rase de „designer”, care sunt majoritare astăzi.
Interesul meu pentru acest subiect a apărut când am făcut o pasiune pentru ogarii cenușii. M-am îndrăgostit de ei când învățam la facultatea de medicină veterinară și aveam doi când am terminat-o. Eram deja la curent cu originea câinilor moderni și aveam o idee vagă privind slăbiciunile lor inerente, dar eram destul de încrezătoare că am ales o rasă robustă—rezultată din inginerie genetică, evident—dar proiectată să producă câini sănătoși, atletici. Iluzia mea a început să se spulbere curând. Am constatat că, deși selecția ogarilor cenușii pentru performanță atletică îi scutește de multe defecte, precum displazia de șold, frecvente la rasele grele, ogarii cenușii moștenesc o predispoziție pentru alte boli, unele letale, care apar cu o frecvență sfâșietoare. Cum acești câini blânzi, grațioși erau considerați debarasabili—erau fie uciși pe pista de alergare la cel mai mic semn de boală, fie omorâți de regulă la vârsta de 3-4 ani—aceste slăbiciuni genetice au rămas în mare măsură nedetectate până în ultimii 10 ani, când au început să trăiască și perioada post-activitate în familii iubitoare, de adopție.
Practica deliberată și extinsă a împerecherii în grupuri restrânse, cu consangvinitate ridicată și caracteristici fizice exagerate a creat rasele moderne de câini dar este și responsabilă pentru cele 334 de boli congenitale documentate
Am învățat ulterior că pur și simplu nu există vreo cale să manipulezi artificial codurile genetice fără să induci consecințe tragice, ne-intenționate. Practica deliberată și extinsă a împerecherii în grupuri restrânse, cu consangvinitate ridicată și caracteristici fizice exagerate a creat rasele moderne de câini dar este și responsabilă pentru cele 334 de boli congenitale documentate, precum hemofilia, epilepsia, boli de inimă, multe cancere (vezi și HSMA Guide to Congenital and Heritable Disorders in Dogs pentru mai multe detalii). Iar oamenii de știință din Suedia, studiind peste 13.000 de câini din 31 de rase au ajuns la concluzia că selecția pentru aspect a dus, de asemenea, la scăderea inteligenței la câini.

Înmulțirea selectivă a câinilor este o demonstrație puternică a evoluției, dar în locul supraviețuirii celui mai potrivit dotat, este supraviețuirea celui mai drăgălaș, deseori definit ca cel care se mândrește cu cele mai multe premii la concursuri și cele mai mari tarife la împerechere. Aceștia sunt cei cărora li se permite supraviețuirea și reproducerea.